中研院人認為，法律不是為了學術發展、科學發展而定的，對法律採批判態度，就算建立了法規也不尊重。中研院的改革必須是「由上而下的徹底改革」，如果院長不能痛下決心、檢討反省，中研院也沒有改革的可能。

從聘請的法律顧問不具律師資格、利益迴避規定獨漏子女，到遴選院長臨時改變投票方式……，中研院一連串看似「不小心」的制度疏漏，滾雪球般引爆巨大危機。重新建立與遵守制度，是中研院改革的第一步。

中央研究院社會學研究所研究員張茂桂認為，中研院不是「制度不明確」，而是「缺乏治理」、不尊重制度。長期以來，中研院人認為，法律不是為了學術發展、科學發展而定的，對法律採批判態度，就算建立了法規也不尊重。

他指出，中研院身為學術界的龍頭，對「建立制度」與「發展學術」有其責任，成為學術界的表率。但中研院長年只重學術發展、輕忽制度，中研院必須從此次風暴中學得教訓。

中研院是首長制，院長一人左右了院內所有決策。張茂桂指出，中研院的改革必須是「由上而下的徹底改革」，如果院長不能痛下決心、檢討反省，中研院也沒有改革的可能。