在這份上百頁建議書中，本文部分將近80頁，光土地與房屋稅部分就占18頁之多，可見深受此次研究重視，面對高漲的房價，就連中研院學者也替政府找藥方。其次報告也相當重視所得與消費稅部分，高度關切富人稅負問題。
恢復分離課稅 估可增1200億元稅收
擔任這項研究計畫召集人中研院院士王平指出，國家每年缺2000億元，稅改政策最重要的工作就是解決「國家沒錢」的大問題。
首先針對過去被政府認為是一大成就的營利事業所得稅、綜合所得稅「兩稅合一」政策，學者認為是到了應該廢除的時候了，中研院特聘研究員彭信坤指出，台灣消費稅偏低，受薪階級賺的錢沒有企業家或地主多，但繳的稅卻比較多，過去採用分離課稅有重複課稅的問題，但採兩稅合一之後，原認為可以吸引投資，但事實上我國國內投資不增反減，加上台灣中小企業眾多，企業靈活運用稅負彈性，又因為營所稅從25%降至17%，導致薪資所得者反而負重稅，企業家逃稅卻沒有回饋社會。
因此中研院建議應該廢除兩稅合一制度，回復原來兩稅分離制度，同時綜合所得稅可採「部分股利所得扣抵法」消彌重複課稅。扣抵的方式，可採用「定額」扣抵法，一家戶以不超過27萬元的「股利所得」扣抵額為上限，與「利息所得」免稅額度同步，按中研院估算，若恢復兩稅分離，將可拿到1200億元稅收。
房產增值多來自國人納稅貢獻 應對外資買房增稅
而在中研院高度關注的高房價部分，報告中也認為，政府應該縮短房屋評定現值的調整期限，比照土地公告現值，改採每年一次，讓房屋評定現值盡量接近市價，並調降自用住宅稅率為配套方案，採行自用與非自用差別稅率。
中研院這份報告更關切外資買房問題，彭信坤表示，香港、新加坡公民買房課稅均較低，但若外籍人士買房，就要負擔較高稅負，主要因房地產價格上漲因素當中，像是週邊環境建設如學校、公園、運動休閒場所、藝術展覽館等等，都是本國人納稅所致，外籍人士買房前，並未為我國繳納任何稅捐，形成不公平，因此建議對外籍人士買房加重課稅，避免炒房並兼顧本國納稅人公平正義。
提高營所稅至20%~25% 奢侈品加稅至10%
在所得稅方面，首先是綜合所稅部分，報告中認為，當今綜合所得稅實質上已經成了薪資稅，但因台灣產業結構以中小企業為主，高所得者流入或流出台灣彈性高，因此再對高所得者加重課稅，容易使高所得者將資金移出台灣，加上台灣與其他國家無邦交與租稅協定，課徵不易，稅基自然不容易增加，
因此學者建議可以從降低薪資所得者稅率，提高消費稅方式來擴大稅基。具體作法包括將一般正常消費品維持現行5%加值型營業稅，但屬奢侈品等高級消費品，則可以將加值型營業稅提高至10%，從效率上來看，會優於所得稅。不過研究中也提醒，消費稅在短期內有累退稅與轉嫁的特性，因此調整時機與幅度要周詳考量，避免重蹈「油電雙漲」改革失敗的覆轍。
此外，為避免營所稅稅基之流失，也應徹底檢討各項產業租稅減免法規及金額，逐步廢止不當的租稅減免，如應針對真正有技術創新產業給與減免，而非普遍性減免，尤其是相較世界各國，我國營所稅稅率仍屬偏低，在未來經濟景氣恢復後，應合理提高營所稅稅率至20%-25%，與韓國及歐盟相當。
建立綠色稅制 檢討中央地方財政劃分
中研院也建議政府應建立綠色稅制，如對有害環境的活動（包括能源與環境相關稅費）課稅，將稅收用於補貼大眾運輸，及低收入給予所得補貼等。同時將空氣污染、水污染、土壤及地下水污染和海洋污染等四種現有的環境污染費，改為環境稅，成為綠色稅制改革一環，因其性質為污染者付費，而非使用者付費，並落實包括水權、入漁費、土石採取費等資源管理費，但同樣的開徵時機與方式均需慎重規劃，同時也可以與綠色稅制一併全面檢討貨物稅。
而長期以來造成中央與地方對立的財政劃分法，研究也建議重新檢討，包括落實與地方稅息息相關的土地稅與房屋稅，提高所得稅與營業稅對地方的分成。而中央對地方補助，宜著重於減低跨區域間的差異，朝向區域均衡發展之目標邁進，尤其是補助分配應透過獨立公正的機制進行評估並予以監督。
中研院首度提出的這項賦稅改革建言，由院士王平擔任召集人，經濟研究所研究員彭信坤擔任執行祕書，參與專家包括施振榮、朱敬一、林全、何志欽、邱正雄、劉憶如、殷乃平等人，顧問有張忠謀、曾巨威等人，經過長達一年研究，今日正式對外發表。
中研院賦稅改革建議書重點：
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