號稱攸關我國高教競爭力的頂尖大學計畫，卻也是備受各界質疑的一項錯誤政策，執行10年來政府投入千億發展高教之後，我們還是沒能產生一個世界頂尖大學，據報導，教育部決定大手筆加碼，預計在106年實施「未來高教發展藍圖」草案，整體預算希望加碼爭取每年160億，比現行再增加20、30億，預計一期5年共800億元。
事實上，這個由民進黨在上一次執政期間於2005年制訂的5年500億的頂尖大學計畫標榜的第一目標是「10年內產生一所排名世界百大的國際一流大學」，第二目標是「5年內發展出10個亞洲一流的頂尖研究中心」。當時大家就質疑在搞「數字遊戲」。在實施一兩年後更已備受各界批判其目的與效益。從事高等教育者就批評，資源和人才集中化的結果造成了大學的階級兩極化後果。國家透過粗暴的手段對弱勢者再度進行剝削，讓每個台大學生每年平均可享受納稅人二十二萬一千元的資源時，許多私立大學有近半數學生因繳不起學費而必須申請助學貸款和打工受罪。這種資源的「逆向」再分配，讓原本就已佔盡優勢的大學，透過五百億的挹注，更為錦上添花，從而更加重其他大學資源匱乏、人才流失的窘境。在這樣的不平等結構下，後段大學還得承受自己不長進的罵名。
此外，以研究質量(實際上就是論文數目)、教學品質、學校規模做為是否給予經費的標準更飽受學界撻伐。因為論文被收入SCI或SSCI並不是「品質保證」，而且SSCI收錄了一些非學術性的期刊。反之，許多重要的學術性期刊未被收入SSCI。此外不可忽略的是，同被收入SSCI的期刊之素質也有所落差。另外，是否能刊載在SSCI、SCI期刊上，自然科學跟人文科學的標準本質上就不同，而且人文領域內各研究議題的論文是否具學術價值更是採行完全另一套標準。更甚者，一旦陷入SSCI及SCI迷思中，學校論斤論兩於論文數量與引用次數，等於用金錢誘使老師大量製造毫無價值的論文，視教學為次要，校園成為論文製造工廠。至於以學校規模為標準，更是讓人啼笑皆非，全球公認兩個最好的理工學院：「麻省理工學院」和「加州理工學院」，前者全校一千多人，後者不到三千人，但學校規模遠超過這兩學院的台、清、交能與其相提並論嗎?
正當各界檢討聲浪紛紛湧入之際，突然前線傳出捷報：2009年10月臺大進入「泰晤士報高等教育──QS世界大學排行榜」的第95名，於是教育部敲鑼打鼓地向外界炫耀這足可證明頂尖大學計畫的成效。但2010年3月6監察院調查教育部大學頂尖計畫時，發現台大等校在三年半內，光碳粉墨水匣就花了一億一千餘萬元，而有些私校卻連正常適量的碳粉墨水匣都買不起。大家才赫然發現這些接受補助的名校的的確確是在濫用納稅人的錢。
糾正案中更明白指出，所謂一流大學及頂尖研究中心之目標定義有欠明確。以擠進全世界大學排名前百大來說，不同機構的排名評比皆有其著重之部分，教育部怎能以此做為一流大學的定義。接著監委也認同本計畫乃造成大學Ｍ型化趨勢的元兇，影響大學整體的發展。
緊接著，2010年5月出刊的Cheers雜誌完成之「2010亞洲大學競爭力調查」，兩岸四地華人地區在「國際化」項目上臺灣僅獲得5.9分，只勝過大陸5.6分（滿分10分），等同宣判頂尖計畫的第一個目標完敗。當然，最諷刺的莫過於在該計畫執行了屆滿十年之際，今年10月1日出刊的同一分刊物—「泰晤士報高等教育──QS世界大學排行榜」公布2015-2016年全球最佳大學排行榜報告中，國立台灣大學排名從去年的155名跌到167名，是該刊物進行全球大學排行榜12年以來的最低水準。其他接受頂尖計畫補助的常客也都全向後退，像清華大學排名在251-300名之間，交通大學排名301-350名之間。又狠又重地朝這個政策及政策制訂及執行者臉上大打一巴掌。
但很顯然的，這些人依然沒有學到教訓，不知反省停止錯誤的政策，居然還變本加厲要亂搞一通，這不知究竟是台灣教育官員已到無藥可救的地步，還是如陰謀論式的揣測，這是馬英九刻意搞的一個更大的爛攤子，等著看小英狼狽收拾的糗態?但可以保證的是，持續這個政策台灣將面臨學術沈淪，人才流失，國家生機斷送的危機。
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